Course at the Swedish Museum of Natural History on R in Biodiversity Analysis

Two-day course in biodiversity analysis “R in Biodiversity Analysis: rOpenSci for all” Tuesday-Wednesday January 24-25 2017.

While in recent years the availability to biodiversity information has increased dramatically, successively more researchers and analysts have employed R programming for presentation and analysis in ecology, evolutionary and conservation biology, and environmental management practice.

By a collaborative effort GBIF-Sweden, the Bioinformatics and Genetics unit at theSwedish Museum of Natural History, EU BON and Swedish LifeWatch now offer a two-day course in R programming introducing up-to-date tools for application and analysis within these fields of science and management.

By bringing together some of the world´s most prominent R developers we expect to be able to offer a wide-ranging introduction to the topic, to present possibilities for customized tools adaptation, and opportunities for individual practice.

Welcome to the course! Please find detailed information regarding the two-day programme and registration instructions at http://www.nrm.se/english/researchandcollections/courseopensourcetoolsforbiodiversityanalysis.9003870.html. Additional information will be published successively at the same address. Remember to register no later than January 16.

Symposium at the Swedish Museum of Natural History on Open Source Solutions in the Public Sector

Invitation
– Government agencies are becoming increasingly dependent on sophisticated information technology in fulfilling their core missions. It has been recognized for a long time that open source systems offer many advantages that should be particularly appealing when considering public investment in information technology. Nevertheless, the adoption of open source systems in the public sector is surprisingly slow, and there are still few examples of government agencies engaged in open-source development projects.

– In this symposium, we want to share the experiences from a few of the open source systems that are used now in the public sector, and we want to highlight some open source development projects driven by government agencies in Sweden and abroad.

Speakers include
– Sanja Halling (Open Source and work with Open Data issues at the National Archivesexternal link, opens in new window)
– Jessica Andersson (Koha steering groupexternal link)
– Peter Krantz (National Library of Swedenexternal link)
– James Macklin (Agriculture and Agri-Food Canadaexternal link)
– Jo Judge (National Biodiversity Networkexternal link)
– Anna Otmalm (Swedish Environmental Protection Agencyexternal link)
– Dave Martin (CSIROexternal link)
– Scott Chamberlain, (rOpenSciexternal link)
– Markus Skyttner (Swedish Museum of Natural History)

Discussion topics
– What long-term benefits do we see from increased public commitment to open source?
– What are the impediments to further progress?
– Why is progress in the adoption of open source systems in the public sector so slow in Sweden?
– How does the progress in Sweden compare to that in other countries

Programme
Monday January 23: Symposium starts at 09:00 (Registration from 08:30)

– Our invited speakers (from Sweden and abroad) present their experience from open source systems in the public sector.
– Group discussions on open source systems in the public sector.
– Panel discussion.
– Coffee/tea at breaks.

See the full programme at http://www.nrm.se/english/researchandcollections/symposiumopensourcesystems/program.9003769.html

Contact
– If you have any questions, please contact Anders Telenius at the Department of Bioinformatics and Genetics. E-mail: anders.telenius@nrm.se, Telephone: +46 (0)8 5195 5129

Utvecklare till GBIF-Sweden – Global Biodiversity Information Facility

Till GBIF-Sweden söker vi nu en senior utvecklare med erfarenhet av öppen källkod.

Du kommer huvudsakligen att arbeta med att underhålla och effektivisera dataflöden från våra nationella leverantörer av biodiversitetsdata till användare av tjänster i de svenska och internationella portalerna gbif.se och gbif.org. I arbetsuppgifterna ingår även vidareutveckling av den svenska portalens funktioner och tjänster.  Som utvecklare kommer du att ansvara för användarnas upplevelse av portalen. I arbetet ingår även att löpande säkerhetsställa att system med tillhörande kopplingar fungerar korrekt. Du kommer att samarbeta med övriga utvecklare i museets bioinformatikgrupp. Arbetet innebär också mycket externa kontakter med våra nationella dataleverantörer men även med andra länders GBIF-noder samt med det internationella GBIF-sekretariatet i Köpenhamn. Den svenska GBIF-noden har till uppgift att samla information om dataregistrerade samlingsföremål och artobservationer från svenska museer, myndigheter, organisationer och forskningscentra och leverera dessa till globala GBIF-noden. GBIF-Sweden är med sitt sekretariat sedan starten 2003 placerat på Naturhistoriska riksmuseet i Stockholm och sorterar där vid museets forskningsavdelning under enheten för bioinformatik och genetik

Kvalifikationer:

– Relevant högskoleutbildning

– Goda Linuxkunskaper

– Goda programmeringskunskaper och erfarenhet av framförallt Java (ver. 5 och senare)

– Vana att hantera stora datamängder och erfarenhet av relationsdatabaser som MySQL eller PostgreSQL

– Kunna hantera webb- och applikationsservrar

– Mycket goda kunskaper i engelska och svenska

Meriterande är:

– Dokumenterat intresse för biologi, systematik, forskning och erfarenhet av arbete med biologiska data

– Erfarenhet av backend-utveckling med JAVA EE stacken med Java EE ramverk

– Erfarenhet av frontend-utveckling med HTML/JavaScript med ramverk som Play Framework och Angular JS

– Erfarenhet av scripting med språk som bash, PHP, ruby, Python, R

– Erfarenhet av dataindexering med verktyg som Apache Solr

– Erfarenhet av systemadministration med linuxdistributioner som Ubuntu och CentOS

– Möjlighet att resa 2 ggr/år.  För att lyckas i rollen krävs mycket god samarbetsförmåga, initiativförmåga och lyhördhet. Vi kommer därför att lägga stor vikt vid sociala och personliga egenskaper.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning.Anställningen är tidsbegränsad till att pågå till och med den 31 december 2016.

Omfattning:   Heltid; Tillträde snarast.

Löneform: Månadslön

Kontakt:  Karin Karlsson Verksamhetsledare 08-519 540 66.

Facklig företrädare: Anders Telenius, SACO-S 08-519 540 00

Ansök senast:   2015-02-16  Referensnummer:   2.3.1-48-2015  Välkommen att söka genom att:  göra en digital ansökan via denna länk.

Naturhistoriska riksmuseet ökar kunskapen om naturen och inspirerar till ansvar för vår värld. Vi eftersträvar att vara en jämställd arbetsplats med etnisk och kulturell mångfald.  Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring.  Vi undanbeder oss därför kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande.  Läs mer:   http://www.nrm.se

Den svenska GBIF-noden har till uppgift att samla information om dataregistrerade samlingsföremål och artobservationer från svenska museer, myndigheter, organisationer och forskningscentra och leverera dessa till globala GBIF-noden. GBIF-Sweden är med sitt sekretariat sedan starten 2003 placerat på Naturhistoriska riksmuseet i Stockholm och sorterar där vid museets forskningsavdelning under enheten för bioinformatik och genetik.