Research School in Biosystematics – ForBio: course overview

Publicerat av
Svara

The Research School in Biosystematics – ForBio is organising a number of relevant courses in the summer and autumn this year, and we invite you to apply to these courses, or forward this overview to interested colleagues for further dissemination to students and postdocs.

Looking forward to seeing you at our courses! Hugo – ForBio

—————
Transmitting Science and ForBio course: Introduction to Electron Microscopy for Life Sciences
Time and place: Jul 5, 2016 09:00 AM – Jul 8, 2016 06:00 PM, Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Barcelona (Spain).
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/electronmicroscopy.html

SIU and ForBio course: Dead Wood Course
Time and place: Aug 8, 2016 – Aug 11, 2016, Lammi Biological Station, Finland
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Deadwood

ForBio and STIRs course: DNA barcoding – from theory to applications
Time and place: Aug 22, 2016 – Aug 26, 2016, Zoology building, Medicinaregatan 18, Gothenburg
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/barcoding.html

ForBio course: Marine Annelids in the Norwegian Sea
Time and place: Sep 4, 2016 – Sep 10, 2016, NTNU, Sletvik Field Station , Norway
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Annelid%20field%20course

SIU and ForBio course: Polypores as tools in forest conservation
Time and place: Sep 19, 2016 – Sep 23, 2016, Lammi Biological Station, Finland
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Polypores

ForBio and UiO: Mycology field course
Time and place: Sep 26, 2016 – Sep 30, 2016, Biological Station Drøbak, Norway
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/mycology.html

ForBio course: Introduction to Bioinformatics for Biosystematics
Time and place: Oct 3, 2016 – Oct 7, 2016, Biological Station Drøbak, Norway
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/bioinfointro_2016.html

DEST and ForBio course: Philosophy of Biological Systematics
Time and place: Oct 10, 2016 – Oct 14, 2016, Biological Station Drøbak
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/philbiolsyst.html

DEST and ForBio course: Basics of Taxonomy – describing, illustrating and communicating biodiversity
Time and place: Oct 10, 2016 09:00 AM – Oct 21, 2016 06:00 PM, Zoology house, Medicinaregatan 18, Gothenburg, Sweden
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Basics%20of%20Taxonomy.html

ForBio course: Species Concepts and Species Delimitation
Time and place: Oct 24, 2016 – Oct 28, 2016, NTNU, Trondheim, Norway
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Species%20delimitation

SIU and ForBio course: Biodiversity data management and open data
Time and place: Oct 31, 2016 – Nov 4, 2016, Tartu, Estonia
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Open%20data

ForBio course: Phylogenomics
Time and place: Nov 14, 2016 09:00 AM – Nov 18, 2016 05:00 PM, Natural History Museum, University of Oslo
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/phylogenomics.html

ForBio course: Species Concepts and Species Delimitation

Publicerat av
Svara

The Research School in Biosystematics – ForBio invites you to:

ForBio course: Species Concepts and Species Delimitation
http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Species%20delimitation

Time and place: Oct 24, 2016 – Oct 28, 2016, NTNU, Trondheim, Norway
Teachers: Kevin de Queiroz, Smithsonian Institution, Washington; Joan Pons, Mediterranean Institute for Advanced Studies (IMEDEA), Balearic Islands, Paschalia Kapli, Heidelberg Institute for Theoretical Studies

Course content
What is a species? Are they real entities we can define and diagnose? In this course you will learn about philosophical, conceptual, theoretical and practical issues around species concepts and the implication of their different definitions in ecological and conservation studies. Species boundaries in many organism groups are still in a state of flux, and for empirical species delimitation, finding appropriate character sets and analytical tools are among the greatest challenges. We will review the advantages and disadvantages of different types of data for species assessment and you will be introduced to the different methods for species delimitation based on DNA sequence data and interpretation of results. Students will gain hands-on-experience about distance and tree based methods for species delimitation, including the use of software such as CROP, ABGD, UCLUST, PTP, GMYC and BPP. We will generate stimulating discussion about the interpretation of results and the advantages and limitations of these methods.

Learning targets
• Understanding the implications of the different species concepts
• Pros and cons of different types of data for species assessments
• Gain an overview of different methods for species delimitation using DNA sequence data, and their advantages and limitations.
• Hands-on experience with distance and tree based approaches.

Credits: 3 ECTS
Level: PhD students, postdocs and researchers – with experience in phylogenetic analyses.
Participants: Maximum number of participants is 18.
Registration: http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/Species%20delimitation
Application deadline: October 1, 2016

ForBio/Hugo and Maria

Biodiversitetsinformatiker sökes till ArtDatabanken/Svenska LifeWatch

Publicerat av
Svara

ArtDatabanken söker en IT-kunnig forskare inom ekologi, systematik eller motsvarande som vill vara med i den fortsatta utvecklingen av SLW-infrastrukturen för svensk biodiversitetsdata och dess användning.

ArtDatabanken är ett kunskapscentrum för Sveriges arter och naturtyper. Vi bidrar till en hållbar förvaltning av naturresurser genom att samla in, analysera och tillgängliggöra data samt beskriva och presentera fakta om biologisk mångfald. Vi samverkar nationellt och internationellt med naturvårdsnyttan i fokus.

Svenska LifeWatch (www.svenskalifewatch.se) bygger en nationell e-infrastruktur för data och forskning om biologisk mångfald. Data om artobservationer, miljö och klimat från en mängd olika databaser länkas samman och erbjuder verktyg för analys, visualisering och nedladdning.

Arbetsuppgifter: Du kommer att vara en brygga mellan forskare och IT-utvecklare. Det innebär bl.a. att vara systemansvarig för Svenska LifeWatch Analysportal (www.Analysisportal.se) och planera och formulera krav på vilka funktionaliteter som ska utvecklas. Du kommer också att ansvara för att samordna utvecklingen med andra parter inom och utanför SLW-konsortiet. I dina arbetsuppgifter ingår att följa den internationella utvecklingen av biodiversitetsinformatiken och representera ArtDatabanken internationellt på konferenser och i workshops. Du kommer att driva och delta i analyser åt ArtDatabanken och ha mycket kontakt med forskare som använder LifeWatch e-Infrastruktur. På sikt kan det finnas möjlighet till ett utökat ansvar inom Svenska LifeWatch.

Kvalifikationer: Du är disputerad inom ekologi, sytematik eller motsvarande. Du har erfarenhet av biodiversitets- eller bioinformatik och hantering av artinformation i databaser. God förståelse av IT-utveckling och kunskaper om analytiska och statistiska metoder är ett krav. Som person är du strukturerad, analytisk, drivande och idérik samt har mycket god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på svenska och engelska. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper.

Meriterande: Intresse för och erfarenhet av samordning och nätverksbyggande är meriterande liksom god kommunikativ förmåga. Erfarenhet av modellering, egen programmering samt erfarenhet av kravställning är önskvärd. Vi uppskattar även om du har goda artkunskaper, samt erfarenhet av att arbeta med naturvårdsfrågor eller miljöövervakning. Ledarerfarenhet eller ledarutbildning är även det meriterande.

Placering: Uppsala

Anställningsform: Tills vidare.
SLU tillämpar provanställning.

Omfattning: 100%

Ansökan: Välkommen med din ansökan märkt med Ref nr: SLU ua 1896/2016.

Ansökan ska ha inkommit till Registrator, SLU, Box 7070,750 07 Uppsala
eller registrator@slu.se senast den 2 juni 2016.

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning.

Mer information:

Ulf Gärdenfors
Föreståndare SLW
018-672623
ulf.gardenfors@slu.se

Anna Maria Wremp
Projektsekreterare och kommunikatör SLW
018-671394
anna-maria.wremp@slu.se

Fackliga företrädare:

Wenche Eide
SACO
018-672495
wenche.eide@slu.se

Artur Larsson
ST
018-672218
artur.larsson@slu.se

http://www.slu.se/sv/For-dig-som/lediga-anstallningar/

Svenska artprojektets årliga utlysning av medel för taxonomisk forskning och inventering

Publicerat av
Svara

Svenska artprojektet har nu utlyst medel för taxonomisk forskning och inventering gällande dåligt kända organismgrupper i Sverige. Sista ansökningsdag är 1 juni 2016. Läs mer här. Nästa ordinarie utlysning sker i april 2017.

The Swedish Taxonomy Initiative (STI) has now announced grants for taxonomic research and inventories within poorly known organismal groups in Sweden.  Apply before 1 June 2016. Read more here. Next announcement will be made in April, 2017.

ForBIO/STIRS Course: DNA barcoding from theory to applications

Publicerat av
Svara

What? A course in DNA barcoding technique for species/OTU:s identification.

When? August 22-26, 2016

Were? Zoology building, Medicinaregatan 18, Gothenburg

Who arranges: STIRS and ForBIO in cooperation.

Learning targets:

• Understanding of the barcoding concept (including metabarcoding)

• Knowledge of e-DNA methods

• Knowledge of applications for barcoding

• Basic understanding of advanced techniques in lab and analysis

Read more here.

Jobb som svampintendent på Evolutionsmuseet

Publicerat av
Svara

100% visstidsanställning som intendent med ansvar för svampsamlingen vid Evolutionsmuseet, Uppsala universitet. Tillträde: snarast, efter överenskommelse. Tidsbegränsning: i första hand t o m 2016-12-31 men kan med all sannolikhet förlängas till totalt 9 månaders tjänstgöring.

Sista ansökningsdag: 8 april 2016

Fullständig utlysning:

http://uu.se/jobb/detaljsida/?positionId=95842

 

Utlysning i sammanfattning nedan:

Arbetsuppgifter: Anställningen innebär ett övergripande ansvar för, i första hand, Evolutionsmuseets samling av svampar (exklusive lavar) och i andra hand moss- och algsamlingarna. Primära arbetsuppgifter är generell samlingsvård och -organisering, service till forskarsamhället (inklusive lånehantering), digitalisering, artbestämning samt att aktivt verka för samlingarnas tillväxt genom egen insamling och kontakt med potentiella donatorer. Forskning inom svamparnas taxonomi kan ingå i arbetsuppgifterna under förutsättning att särskilt avtal sluts om omfattning och inriktning. I anställningen ingår att hålla sig informerad om pågående forskning och nya forskningsrön inom systematisk botanik, särskilt svamparnas systematik och fylogeni. Dessutom ingår utåtriktad verksamhet, inkluderande förmedling av forsknings- och samlingsinformation till forskare, lärare, studenter och allmänhet. I samband med detta kan arbete under helger och kvällar förekomma i samband med museets utställningsverksamhet och utåtriktade arrangemang.

Kvalifikationskrav: Vi söker kandidater med doktorsexamen i systematisk eller ekologisk botanik och med dokumenterat djupa kunskaper om svamparnas taxonomi och nomenklatur. Avancerad artkunskap om svampar och betydande erfarenhet av bestämningsarbete med svampar är också krav. Goda kunskaper i ett skandinaviskt språk och engelska (muntlig och skriftlig) förutsätts. Initiativförmåga, god organisations- och samarbetsförmåga och personlig lämplighet kommer att beaktas vid tillsättningen.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Erfarenhet av arbete vid ett naturhistoriskt museum, särskilt hantering av botaniska samlingar, är en fördel, likaså erfarenhet av utåtriktad verksamhet.

 

University of Gothenburg and ForBio workshop: Target capture for NGS sequencing

Publicerat av
Svara

The Research School in Biosystematics – ForBio invites you to the University of Gothenburg and ForBio workshop: Target capture for NGS sequencing

This workshop will cover the methodology currently in use for generating DNA sequence data from multiple loci and individuals. It will cover all steps from design of probes to phasing of alleles. Emphasis will be put on basic understanding of the whole procedure, which pitfalls there may be, and demonstration of the use of software for different assembly, mapping, and phasing steps.

The format of this course requires students to have the specific objective of using these methods in their research, and students with PhD projects that include target capture will be prioritized.

Course teachers are: Isabel Liberal, Tobias Hofmann, Mats Töpel, Patrik Cangren
Credits: A 2 ECTS course certificate will be given to students that pass the course, either by GU or ForBio depending on their registration.
Time and place: Mar 21, 2016 – Mar 24, 2016, Botanhuset, Göteborg
Application deadline: March 1, 2016.
Information and registration: http://www.forbio.uio.no/events/courses/2016/target_capture.html

Contact Bengt Oxelman (bengt.oxelman@bioenv.gu.se) or Hugo de Boer (hugo.deboer@nhm.uio.no) for more information.

All the best,

ForBio/Hugo

ForBio Annual Meeting 2016 in Trondheim

Publicerat av
Svara

ForBio is organising its annual meeting in Trondheim and registration is now open. ForBio annual meetings aim to gather scientists and students working on or interested in biosystematics in order discuss about current projects and results, share experience on methods and strengthen networking within the scientific community. This year, the meeting will be held in Trondheim, Norway, from Monday April 25th to Wednesday 27th. Registration deadline March 1st.

Keynote speakers will be invited to this meeting and will give valuable talks on the state of the art within the field of taxonomy and systematics, with the objective to inspire members on how cutting edge methods can innovate our field. We encourage attendees to use this meeting as an opportunity to present and discuss their own research as it provides a platform for exchange and dialogue about biosystematics.

There is no registration fee and you are all welcome to participate. ForBio members (PhD students and Postdocs) presenting their research (oral or poster) will have free travel and shared accommodation booked through ForBio.

For more information and registration please visit the website:
http://www.forbio.uio.no/events/meeting/2016/meeting2016.html

Best, Hugo/ForBio

Summer school – ”Taming the BEAST”

Publicerat av
Svara

(Forwarded e-mail fro Chi Chang)

We are happy to announce our Summer School ”Taming the BEAST” and would kindly ask you to forward this email to interested students and PostDocs. We apologize if you receive this email more than once.

Phylogenetics and phylodynamics are central topics in modern biology. Phylogenetic inferences reconstruct the evolutionary relationships between organisms, whereas phylodynamic inferences reveal the dynamics that lead to the observed relationships. These two fields have many practical applications in disciplines such as epidemiology, developmental biology, paleontology, ecology and even linguistics. However, phylogenetics and phylodynamics are complex and fast-evolving fields. As such, inference tools are not easily accessible to researchers who are not from a computational background.

Taming the BEAST is a summer school focusing on the BEAST2 software and consisting of a mix of invited talks, lectures and hands-on tutorials by leading and renowned experts in the field (including several of the core developers of BEAST2). The aim of this summer school is to equip participants with the skills necessary to confidently perform their own phylogenetic and phylodynamic inferences in Bayesian settings, while providing them with a firm grasp of the theory behind those inferences. Participants are also highly encouraged to bring their own datasets along and to engage with the organizers and speakers to address any problems specific to their own datasets/analyses.

Registration is now open! We welcome applications from graduate students and early-career scientists in the life sciences. Preference will be given to applicants who are not from a computational background and applicants who have already collected/assembled a dataset that they need to analyze.

Invited speakers:

Tanja Stadler (ETH Zurich)
Alexei Drummond (University of Auckland)
Tracy Heath (Iowa State University)
Tim Vaughan (University of Auckland)
Oliver Pybus (University of Oxford)

Dates: June 26th to July 1st  (Registration deadline: March 15th)

Place: Engelberg, Switzerland

For more information regarding the program, registration, venue, etc, please visit the summer school website: https://www.bsse.ethz.ch/cevo/taming-the-beast.html

We hope to see you there,

the Taming the BEAST organizing team