Dear All!
Molecular-Clock Dating Using MrBayes – Seminar and Workshop
Chi Zhang*, Swedish Museum of Natural History, Stockholm
Johan Nylander, BILS/Swedish Museum of Natural History, Stockholm
MrBayes – the most often used software for Bayesian phylogenetic analysis – has included many new features since version 3.2. In this seminar, we will highlight some newly implemented functionality, with focus on the molecular-clock dating capacities of the current version (v.3.2.4). The seminar will consist of two parts, where following a presentation* giving the necessary backrground information, there will be a hands-on tutorial where participants are encouraged to bring their own data (and computers).
Abstract
There are two approaches on dating using molecular data: node dating and total-evidence dating. Node dating calibrates the internal nodes of the tree by assigning distributions using information from external sources, such as the fossil record. Total-evidence dating uses the morphological data from fossil record and morphological and sequence data from recent organisms together to infer the dates. Several steps involve in Bayesian dating analysis, including data partitioning, node or fossil age calibration, and setting priors for the tree and the molecular clock model. I will describe the available calibration probability distributions, clock tree priors – especially the fossilized birth-death prior for total-evidence dating, and relaxed clock models, through a step-by-step tutorial of MrBayes.
The program (MrBayes v.3.2.4) is available from http://mrbayes.net (alternatively https://sourceforge.net/projects/mrbayes/files/mrbayes)
Participants in the practical part are encouraged to bring their own computers with the software installed from the above mentioned URL’s.
Dear All!
Reminder and change of starting time!
Stockholm Phylogenomics Group announces – Upcoming talk at the Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, March 24.
Speakers: Alexandre Antonelli (University of Gothenburg),
Hannes Hettling and Rutger Vos (Naturalis Biodiversity Center,
the Netherlands)
Title: SUPERSMART: Ecology and evolution in the era of big data
Time: March 24 at 15:30-16:30
Venue: Room 525, Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm
Host: Fredrik Ronquist
Abstract: Rapidly growing biological data volumes – including
molecular sequences and fossil records – hold an unprecedented
potential to reveal how evolutionary processes generate and
maintain biodiversity. However, most studies integrating these
data use an idiosyncratic step-by-step approach for the
reconstruction of time-calibrated phylogenies. We will present a
novel conceptual framework, termed SUPERSMART (Self-Updating
Platform for Estimating Rates of Speciation and Migration, Ages,
and Relationships of Taxa), and present our proof of concept for
dealing with the moving targets of biodiversity research. This
framework reconstructs dated phylogenies based on the assembly
of molecular and genomic datasets. The data handled for each step
are continuously updated as databases accumulate new records. We
believe that this emerging framework will provide an invaluable
tool for a wide range of hypothesis-driven research questions in
systematics and evolution. For more information please see
Stockholm Phylogenomics Group announces – Upcoming talk at the Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, March 24.
Speakers: Alexandre Antonelli (University of Gothenburg),
Hannes Hettling and Rutger Vos (Naturalis Biodiversity Center,
the Netherlands)
Title: SUPERSMART: Ecology and evolution in the era of big data
Time: March 24 at 15:00-16:00
Venue: Room 525, Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm
Host: Fredrik Ronquist
Abstract: Rapidly growing biological data volumes – including
molecular sequences and fossil records – hold an unprecedented
potential to reveal how evolutionary processes generate and
maintain biodiversity. However, most studies integrating these
data use an idiosyncratic step-by-step approach for the
reconstruction of time-calibrated phylogenies. We will present a
novel conceptual framework, termed SUPERSMART (Self-Updating
Platform for Estimating Rates of Speciation and Migration, Ages,
and Relationships of Taxa), and present our proof of concept for
dealing with the moving targets of biodiversity research. This
framework reconstructs dated phylogenies based on the assembly
of molecular and genomic datasets. The data handled for each step
are continuously updated as databases accumulate new records. We
believe that this emerging framework will provide an invaluable
tool for a wide range of hypothesis-driven research questions in
systematics and evolution. For more information please see
http://www.supersmart-project.org.
A 3-year research position is available at the Natural History Museum (NHM), University of Oslo. The position is connected to the project SpArc (High speciation rates in Arctic plants: genomic mechanisms and relevance to the latitudinal diversity gradient), funded by the Research Council of Norway for four years from 2015.
More info at: http://uio.easycruit.com/vacancy/1336993/71922?iso=no
A 4-year PhD position is available at the Natural History Museum (NHM), University of Oslo. The position is connected to the project SpArc (High speciation rates in Arctic plants: genomic mechanisms and relevance to the latitudinal diversity gradient), funded by the Research Council of Norway for four years from 2015.
More info at: http://uio.easycruit.com/vacancy/1336803/71922?iso=no
Please visit
http://www.systass.org/biennial2015/
for information!
Till GBIF-Sweden söker vi nu en senior utvecklare med erfarenhet av öppen källkod.
Du kommer huvudsakligen att arbeta med att underhålla och effektivisera dataflöden från våra nationella leverantörer av biodiversitetsdata till användare av tjänster i de svenska och internationella portalerna gbif.se och gbif.org. I arbetsuppgifterna ingår även vidareutveckling av den svenska portalens funktioner och tjänster. Som utvecklare kommer du att ansvara för användarnas upplevelse av portalen. I arbetet ingår även att löpande säkerhetsställa att system med tillhörande kopplingar fungerar korrekt. Du kommer att samarbeta med övriga utvecklare i museets bioinformatikgrupp. Arbetet innebär också mycket externa kontakter med våra nationella dataleverantörer men även med andra länders GBIF-noder samt med det internationella GBIF-sekretariatet i Köpenhamn. Den svenska GBIF-noden har till uppgift att samla information om dataregistrerade samlingsföremål och artobservationer från svenska museer, myndigheter, organisationer och forskningscentra och leverera dessa till globala GBIF-noden. GBIF-Sweden är med sitt sekretariat sedan starten 2003 placerat på Naturhistoriska riksmuseet i Stockholm och sorterar där vid museets forskningsavdelning under enheten för bioinformatik och genetik
Kvalifikationer:
– Relevant högskoleutbildning
– Goda Linuxkunskaper
– Goda programmeringskunskaper och erfarenhet av framförallt Java (ver. 5 och senare)
– Vana att hantera stora datamängder och erfarenhet av relationsdatabaser som MySQL eller PostgreSQL
– Kunna hantera webb- och applikationsservrar
– Mycket goda kunskaper i engelska och svenska
Meriterande är:
– Dokumenterat intresse för biologi, systematik, forskning och erfarenhet av arbete med biologiska data
– Erfarenhet av backend-utveckling med JAVA EE stacken med Java EE ramverk
– Erfarenhet av frontend-utveckling med HTML/JavaScript med ramverk som Play Framework och Angular JS
– Erfarenhet av scripting med språk som bash, PHP, ruby, Python, R
– Erfarenhet av dataindexering med verktyg som Apache Solr
– Erfarenhet av systemadministration med linuxdistributioner som Ubuntu och CentOS
– Möjlighet att resa 2 ggr/år. För att lyckas i rollen krävs mycket god samarbetsförmåga, initiativförmåga och lyhördhet. Vi kommer därför att lägga stor vikt vid sociala och personliga egenskaper.
Anställningsform: Tidsbegränsad anställning.Anställningen är tidsbegränsad till att pågå till och med den 31 december 2016.
Omfattning: Heltid; Tillträde snarast.
Löneform: Månadslön
Kontakt: Karin Karlsson Verksamhetsledare 08-519 540 66.
Facklig företrädare: Anders Telenius, SACO-S 08-519 540 00
Ansök senast: 2015-02-16 Referensnummer: 2.3.1-48-2015 Välkommen att söka genom att: göra en digital ansökan via denna länk.
Naturhistoriska riksmuseet ökar kunskapen om naturen och inspirerar till ansvar för vår värld. Vi eftersträvar att vara en jämställd arbetsplats med etnisk och kulturell mångfald. Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring. Vi undanbeder oss därför kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande. Läs mer: http://www.nrm.se
Den svenska GBIF-noden har till uppgift att samla information om dataregistrerade samlingsföremål och artobservationer från svenska museer, myndigheter, organisationer och forskningscentra och leverera dessa till globala GBIF-noden. GBIF-Sweden är med sitt sekretariat sedan starten 2003 placerat på Naturhistoriska riksmuseet i Stockholm och sorterar där vid museets forskningsavdelning under enheten för bioinformatik och genetik.
Vi söker en postdoc med intresse för mikroskopiska djur. Fältarbete i marin och limnisk miljö, fylogeni, artavgränsning och metagenetik. Utlysningstext här: https://www.dropbox.com/s/n53ug8yvvakxo8c/Postdoktor%20ZOO%202015.pdf?dl=0
Ulf Jondelius
Efter många års förberedelser, författande och fotograferande finns nu den digitala boken The Phylogeny of Angiosperms tillgänglig på webbadressen http://angio.bergianska.se. Niklas Wikström vid Bergianska trädgården har designat och strukturerat boken.
En traditionell pappersbok är idag till viss del inaktuell redan då den anländer från tryckeriet. En sådan bok blir också vanligtvis mycket dyr, ifall den är rik på textinformation och bilder. Digital publicering är en lösning på dessa problem, eftersom en sådan digital bok kan vara lättillgänglig och kostnadsfri för användarna. Ändringar i texten kan dessutom göras snabbt och till minimal kostnad. För att tillgodose behovet av en informationstät översikt över blomväxternas fylogeni och taxonomi har jag sålunda författat denna digitala bok.
Lite kort om bokens innehåll och struktur:
På en inledande sida redogörs för bokens upplägg. I en kolumn till vänster lämnas en innehållsförteckning. Om man klickar på rubriken Cladistic classification, kommer man till en indelning av angiospermerna ner till de enheter som traditionellt kallas ”familjer”. Under Glossary-rubrikerna finns förklaringar till termer som används i texten. En alfabetisk förteckning över släktesnamnen och deras synonymer ligger under rubriken Alphabetical List of Generic Names. Ett avsnitt betitlat Missing data omfattar sådana egenskaper som ännu inte är kända. Ett av huvudsyftena med boken är att presentera vad vi vet om angiospermerna. Ett annat huvudsyfte är att informera om vad vi å andra sidan inte vet om dem.
I det inledande kapitlet Magnoliopsida redogörs för allmänna kännetecken samt blomväxternas fylogenetiska huvudlinjer. Från ett översiktsträd kan man söka sig fram till en viss grupp av angiospermer genom att klicka på gruppernas namn. Längre fram i texten finns andra översiktsträd för de olika huvudgrupperna, varifrån man kan klicka sig fram till undergrupperna.
Kapitelindelningen följer i stort sett de grupper som traditionellt kallas ”ordningar” och i slutet av varje kapitel finns en omfattande litteraturförteckning. Under rubriken Systematics i varje delavsnitt finns en lista över släktena med deras artantal och utbredning. Till många av släktesnamnen är fotografier länkade och ett mål är att alla släkten ska representeras av illustrationer. De flesta bilderna är tagna av mig, men jag tar även med glädje emot bilder från andra fotografer.
Boken är avsedd att användas av alla som är intresserade av blomväxter, även om den inte i första hand vänder sig till nybörjare.
Det är självklart omöjligt för en ensam person att hålla jämna steg med kunskapsflödet från de hundratals periodica inom växtsystematik. Därför tar jag tacksamt emot all information som saknas i boken samt alla förslag till förbättringar av densamma.
Jan Thomas Johansson
e-post: janthomas.johansson@telia.com