Stina Weststrand (Systematisk biologi, Uppsala Universitet) vann i fredags tävlingen Forskar Grand Prix i Uppsala då hon under tre minuter beskrev sin forskning om mosslumrar. Grattis Stina!
Mer information om tävlingen hittar ni på Uppsala universitets hemsida: http://www.uu.se/nyheter/nyhet-visning/?id=1984&area=1%2C2%2C5%2C13%2C16&typ=artikel&na&lang=sv
Hej!
Jag vill gärna göra er uppmärksamma på en debattartikel, författad av Mats Eriksson och mig, i dagens upplaga av Upsala Nya Tidning (1 oktober).
Ni hittar artikeln på
http://www.unt.se/debatt/svenska-artprojektet-kraver-langsiktighet-1877207.aspx
Hälsningar
Stefan Ekman
Höstens aktiviteter för Stockholm Phylogenomics Group är nu uppdaterade!
Se även www.phylogenomics.se.
Dear members of the Stockholm Phylogenomics Group (SPG):
This is the program for the first part of the fall semester; we are still working on the activities for the early winter. More information will be available on the SPG mailing list shortly before each event.
To add or delete names to the SPG list, contact me at fredrik.ronquist@nrm.se.
Cordially welcome to our activities!
For the SPG,
/Fredrik
————–
Stockholm Phylogenomics Group
Fall 2012 (Part 1)
Wednesday September 26, 15.15 Seminar
Room 306 (The Cramér Room) House 6, Kräftriket
Sebastian Höhna (Stockholm University): ”Estimating non-constant species diversification rates and patterns under incomplete, systematic species sampling”
Wednesday October 3, 13.00 Seminar
Small lecture hall (Lilla hörsalen), Naturhistoriska riksmuseet
Prof. Bernhard Misof (Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König, University of Bonn): ”Phylogenomics and the evolution of insects – The 1KITE project”
Tuesday October 9, 15.00 Seminar and Software Demonstration
MIN-LIG seminar room (beyond mineral exhibit), Naturhistoriska riksmuseet
Prof. Bruce Rannala (University of California, Davis): ”Species delimitation using multilocus sequence data”
At 16.00, after the seminar, Bruce will demonstrate his and Ziheng Yang’s software for Bayesian species delimitation using multilocus sequence data.
Tuesday November 6, 15.00 Journal Club
Room 526, Naturhistoriska riksmuseet
We discuss Bouchard-Côté et al.: Phylogenetic Inference via Sequential Monte Carlo Syst Biol (2012) 61(4): 579-593
————–
(From www.phylogenomics.se/News)
Onsdagen den 26 september klockan 15.15 håller Sebastian Höhna, Stockholms universitet, ett seminarium med titeln / On Wednesday September 26 at 15.15, Sebastina Höhna from Stockholm University will give a seminar with the title:
Estimating non-constant species diversification rates and patterns under incomplete, systematic species sampling.
Sammanfattning / Abstact:
The macro-evolutionary process of species diversity is commonly modeled using a birth-death branching process. Here I consider the class of processes where each species alive at time t has the same speciation rate lambda(t) and the extinction rate mu(t). The questions I aim to answer are: Did the rates change over time? How did the rates change over time? Where there times of mass-extinction and/or rapid radiations?
Recent extensions include specific rate functions (e.g. exponential decreasing/increasing) and random species sampling. In this talk I will present the likelihood equations for any time-dependent rate function (e.g. with one or several modes) and systematic species sampling (e.g. one species per family). I will show the estimates of the speciation rate and extinction rate over time for the complete order of mammals. Additionally, I will present a second approach for the derivation of the likelihood which can be used for fast simulation of reconstructed phylogenetic trees for:
a) a fixed time of the process,
b) a fixed number of sampled species and
c) a fixed number of sampled species and time of the process.
Lokal / Place: Cramerrummet (rum 306) / Cramér room (room 306), hus / house 6; Kräftriket. Karta/Directions: http://www.su.se/english/about/campus/maps/kraftriket
The Distributed European School of Taxonomy (DEST) erbjuder regelbundet teoretiska kurser
i modern taxonomi och systematik och praktiska kurser i art- och organismkännedom. Programmet 2012/13 har just släppts, och många kurser är öppen för registrering.
Enheten för biodiversitetsinformatik på Naturhistoriska riksmuseet söker en IT-strateg/systemutvecklare och en systemutvecklare. För den första tjänsten söker vi antingen en biolog, gärna systematiker, med rik IT-erfarenhet eller en datavetare med erfarenhet av biologiska tillämpningar. Läs mer om tjänsterna här: http://www.nrm.se/ommuseet/ledigatjanster.10.html
/Fredrik Ronquist
I höstens budgetproposition som presenterades i morse nämns Svenska artprojektet under utgiftsområde 23 (Landsbygdsdepartementet):
Riksdagens tidigare ställningstagande (bet. 2004/05:MJU2, rskr. 2004/05:128) om en särskild satsning till Artdatabanken vid Sveriges lantbruksuniversitet dels för ett nationellt referensverk som beskriver Sveriges samtliga flercelliga djur, växter och svampar, dels för stöd av taxonomisk forskning och inventering samt till biologiska samlingar bör inte längre gälla. Medelstilldelningen för Artprojektet bör fr.o.m. budgetåret 2013 beslutas av regeringen.
Artdatabanken har en central och aktiv roll i arbetet med miljöövervakning och en strategisk uppgift när det gäller rapportering och kommunikation av arters förekomster, ekologi och hotstatus genom olika tjänster och à jourhållning av olika databaser. Svenska artprojektet är en del av verksamheten vid Artdatabanken. Artprojektet är av stor betydelse för att nå nationella och internationella mål för biologisk mångfald.
Under utgiftsområde 20 (Miljödepartementet) nämns även Artportalen:
Artdatabankens verksamhet och dess webbplats Artportalen är exempel på insatser som ökar kunskapen och delaktigheten. Regeringen bedömer att arbetet med att kartlägga den svenska biologiska mångfalden på artnivå och tillgängliggöra denna kunskap är ett strategiskt viktigt arbete i flera avseenden. Arbetet är bland annat viktigt för att säkerställa kvaliteten i den rapportering som görs av allmänheten via Artportalen. En ökad kunskap om dåligt kända organismgrupper förväntas dels leda till att fler arter inrapporteras och dels öka kvaliteten i inrapporterade data. Därmed förbättras underlaget för fortsatta åtgärder. Regeringen bedömer att allmänhetens delaktighet i inrapporteringen av tillståndet för den biologiska mångfalden har en betydande roll i miljöövervakningsarbetet, och kan behöva underlättas framöver.
Det är glädjande att texterna tar upp Svenska artprojektet och ArtDatabankens verksamhet i mycket positiva ordalag. Dock ges inga besked om eventuella förändringar i budgetramen eller i verksamhetens innehåll. Vi vet alltså ännu ingenting om hur det går med t ex Nationalnyckeln eller Svenska artprojektets museistöd.
The course aims to present the DNA barcoding technique for species identification/taxonomy/keys/species descriptions/estimates of biodiversity etc. The concept, the techniques, databases, theory, applications e.g. monitoring, larvae,
gut content, customs, pitfalls, drawbacks and advantages. Sessions will contain e.g. laptop exercises, discussions, an ecologists view on species ID and monitoring/management/diversity index. We will broadly cover different organism groups (fungi, plants, inverts, verts, marine org. and protozoa).
Where? Naturicum, Uppsala: Bäcklösavägen (direction Gottsunda).
Confirmed teachers so far:
Per Sundberg and Sarah Bourlat: introduction, concept of barcoding and MOTU:s
Tomas Lyrholm: case study from Swedish Agency for Marine and Water Management
Torbjörn Ekrem: NorBOL, databases & laptop exercises
Target group: PhD students with a general background in biology
Working language: English/Scandinavian
Recommended course credits: 1.5 ECTS
Fee: No course fee. For members of ForBio (Research School in Biosystematics: http://www.forbio.uio.no/) and STIRS (Swedish Taxonomy Initiative Research school) travel and accomodation costs get refunded. Other participants pay for travel and accommodation.
Registration: Registrations, which should be accompanied by a short CV (indicating the nature and stage of your research project) can be sent til Oct 26. Priority will be given to those PhD-students enrolled in the Swedish Taxonomy Initiative’s Research School
and members of ForBio if the maximum number of course participants is exceeded by the number of registrations.
Number of participants: Maximum 20.
Registration: Malin Strand, Coordinator STIRS (Swedish Taxonomy Initiative Research School: http://www.slu.se/en/collaborativecentres-
and-projects/artdatabanken/the-swedish-taxonomy-initiative/research/research-school/), e-mail: malin.strand@gu.se, tel: +46(0)705-654246
ForBIO coordinator: Christiane Todt, PhD, e-mail: Christiane.Todt@um.uib.no
Länken till artikeln är alltså:
http://www.svd.se/opinion/brannpunkt/manga-arter-kvar-att-upptacka_7489738.svd
(Länken från ordet ’här’ försvann i den automatiskt genererade eposten.)
Stefan
Hej!
Jag vill gärna göra er uppmärksamma på den debattartikel som jag och Mats Eriksson författat om Svenska artprojektet och som publicerades idag (11 sept) på Svenska dagbladets debattsida Brännpunkt.
I pappersversionen uppträder Brännpunkt på sidan 5.
På webben hittar man samma artikel på
http://www.svd.se/opinion/brannpunkt/manga-arter-kvar-att-upptacka_7489738.svd
Hälsningar
Stefan