Seminar in the SPG seminar series: Alexandre Bouchard

Publicerat av
Svara

Nytt föredrag hos Stockholm Phylogenomics Group (www.phylogenomics.se), Fredag 19/4 kl 14-15 @ Science for Life Laboratory i Solna.

”Dear all,

I am happy to present Alexandre Bouchard in the SPG seminar series.

Place: Floor 2 lunchroom of Science for Life Laboratory

Date: Friday, April 19

Time: 14:00

Title: Phylogenetic Sequential Monte Carlo

Abstract: Bayesian phylogenetic methods rely on accurate approximations of intractable expectations over the space of phylogenies, a problem that has been traditionally approached almost exclusively using Markov chain Monte Carlo samplers. However, the advent of large scale phylogenetic problems and new high resolution models calls for complementary approaches. In this talk, I will describe one such complementary approach based on Sequential Monte Carlo methods. I will demonstrate the flexibility that can be achieved using extensions of standard particle filters, and show different applications we are currently working on. I will also describe a new method that we have developed to parallelize SMC algorithms, entangled Monte Carlo. This technique, based on the particle genealogy, can be applied to parallelize SMC calculations while keeping communication costs between nodes low.

/Lars Arvestad”

 

ArtDatabanken söker ny chef – något för dig?

Publicerat av
Svara

Naturvårdssveriges intressantaste uppdrag!

Är du den engagerade och visionära ledare vi söker som tillsammans med medarbetarna vill vara med att utveckla denna viktiga, spännande och dynamiska verksamhet?

ArtDatabanken är ett kunskapscentrum som bedömer tillståndet för landets arter, naturtyper och deras livsmiljöer samt är en brygga mellan forskning, miljöövervakning, näringar, naturvård, amatörbiologer och samhället. ArtDatabanken värnar Sveriges arter, naturtyper och deras livsmiljöer genom att tillhandahålla fakta och sprida information baserad på analyser, observationer och miljöövervakning.

Lär mer om oss på www.artdata.slu.se.

Som chef för ArtDatabanken har du ett övergripande ansvar för ledning, utveckling, planering, budget och uppföljning av hela verksamheten som omfattar cirka 80 anställda och omsätter cirka 110 miljoner per år. En spännande utmaning är att driva den förändringsprocess där Nationalnyckeln ska digitaliseras och att integrera hela ArtDatabanken i det arbetet.

Sista ansökningsdag är 22 april. För mer information kontakta Andrea Bergkvist på 073-944 50 75. Läs mer här: https://www.poolia.se/lediga-jobb/chef-till-artdatabanken-vid-slu-uppsala-35014/

Svenska artprojektet utlyser medel för taxonomisk forskning och inventering

Publicerat av
Svara

Årets utlysning av medel från Svenska artprojektet för taxonomisk forskning och inventering gällande dåligt kända organismgrupper ligger nu ute på vår hemsida (länk, se nedan. Sista ansökningsdag är måndag 3 juni 2013. http://www.slu.se/sv/centrumbildningar-och-projekt/artdatabanken/svenska-artprojektet1/forskning/anslag-att-soka/

Svenska artprojektets museistöd ses över

Publicerat av
Svara

I måndagens Uppsala Nya Tidning (4 mars 2013) aviserade landsbygdsminister Eskil Erlandsson att regeringen avser att göra en översyn av museistödet inom Svenska artprojektet. Den 6 mars skrev landsbygdsministern i ett svar på en fråga från riksdagsledamot Helena Leander, som undrade varför ingenting sägs om museistödet i regeringsbeslutet om ”Riktlinjer för Svenska artprojektet”:

”I den översyn av Svenska artprojektet jag under fjolåret lät genomföra konstaterades att museistödets resultat inte hade varit möjliga att bedöma inom ramen för översynen. En översiktlig redovisning av museistödets användning finns i resultatsammanställningen av artprojektets vetenskapliga del. Utöver detta har ännu ingen samlad utvärdering gjorts av stödet. När det gäller tillgängliggörandet av den kunskap vi kan få genom de biologiska samlingarna pekade översynen av artprojektet på ett antal frågor som behöver klargöras. Detta föranleder en översyn i särskild ordning av stödet till biologiska samlingar, med tonvikt på museistödets betydelse för artprojektet. Inom Regeringskansliet bereds nu en sådan översyn.

Regeringens avsikt är alltså att försäkra sig om att resurserna används på ett kostnadseffektivt sätt och till största nytta för den biologiska mångfalden.”

Svaret i sin helhet kan du hitta här: http://www.riksdagen.se/sv/Dokument-Lagar/Fragor-och-anmalningar/Svar-pa-skriftliga-fragor/Riktlinjer-for-Svenska-artproj_H012344/

ArtDatabanken har ännu inte fått information om hur den aviserade översynen av museistödet ska ske.

Public seminar: Collecting without being arrested!

Publicerat av
Svara

Seminar: Collecting without being arrested

14 March 2013

Swedish Museum of Natural History (NRM), Locality: Lilla Hörsalen

The seminar deals with the implications of the Convention on Biological Diversity and ‘Access and Benefit Sharing’ (ABS) and the Nagoya protocol for natural history collections and scientific collecting and research, relevant to researchers in life sciences and collection personnel. Issues raised will address how to legally collect scientific specimens and samples in foreign countries, how to assure to follow the regulations when working with loans and donations in collection management, and how the implementation of the Nagoya protocol into EU and Swedish legislation is progressing.

Preliminary programme

13.00 Per Ericson, Science director, NRM. Welcome and Introduction to the seminar.

13.10 Börje Alriksson, Ministry of the Environment. A new EU regulation on ABS and its Swedish implementation.

13:30 China Williams, CBD Education Officer, Royal Botanic Gardens Kew. Legal aspects of access to collections: tools for implementing the CBD.

14.20 – 14.50 Coffee break

14.50 Mari Källersjö, Director of Gothenburg Botanical Garden. IPEN – an exchange network for botanic gardens for non-commercial exchange of plant material, based on the CBD.

15.10 Panel discussion and questions.

16.00 Closing the seminar

Very welcome!

OBS!! Please register latest 8 March to: Thomas.Lyrholm@nrm.se

Regeringsbeslut om Svenska artprojektet – oklarheter och nedskärningshot kvarstår

Publicerat av
Svara

Regeringen beslutade 21 februari om mål och inriktning för Svenska artprojektet, som syftar till att hitta och beskriva arter i Sverige och göra kunskapen tillgänglig för samhället. Artprojektet drivs inom ArtDatabanken vid SLU.

Regeringens beslut om målen är att fortsätta arbetet med att kartlägga vilka arter som finns i landet och göra den kunskapen tillgänglig för forskare och naturvårdare, med fokus på digital kunskapsspridning. Projektet ska också stimulera den naturintresserade allmänheten att rapportera arter på Artportalen. Verksamheten ska bidra till att uppfylla miljömålen och ta fram kunskapsunderlag och verktyg för miljöövervakning och naturvårdsåtgärder. Regeringen fastslår också att SLU ska fortsätta att leda Artprojektet.

− Vi välkomnar att regeringen äntligen lagt fast vilka mål som ska gälla för projektet. Regeringens beslut stämmer väl överens med hur vi redan arbetar i projektet och hur vi tidigare i år bestämde framtida inriktning, säger Johan Bodegård, chef för ArtDatabanken.

− Det är mycket bekymmersamt att beslutet inte berör framtiden för stödet till de biologiska museerna, som är en viktig grundbult i projektet säger Ulf Gärdenfors, stf chef för ArtDatabanken. Det innebär att våra samarbetspartner bland museerna fortfarande lever i osäkerhet om framtiden.

SLU har också tidigare fått ett uppdrag att till den 15 maj i år föreslå ytterligare effektiviseringar och besparingar för Artprojektet.

− Det är oroande att regeringen vill minska vår budget ännu mer, utöver den nedskärning med tio miljoner kronor som redan gjorts. Det fortsätter att skapa osäkerhet om projektets framtid. Alla de fantastiska människor som arbetar med Artprojektet behöver arbetsro för att kunna utveckla projektet efter de mål och förutsättningar som nu lagts fast, framhåller Johan Bodegård.

Regeringsbeslutet kan du läsa om du surfar till den här sidan: http://www.slu.se/sv/centrumbildningar-och-projekt/artdatabanken/aktuellt1/nyheter1/2013/2/artprojektet-bra-med-klara-mal-men-annu-oro-kring-framtiden/

Biosyst.eu 2017 in Sweden

Publicerat av
Svara

Dear members of Svenska Systematikföreningen

I am happy to inform you that the BioSyst.EU council decided that the responsibility for arranging the next meeting (August 2017) went to us, Svenska Systematikföreningen. This also means that our chairperson (Livia Wanntorp) will be spokesperson for Biosyst.eu until then. There is a prospect for arranging the conference in Göteborg (see attached pdf).

Bengt

Postdoc: worm genomics in Stockholm

Publicerat av
Svara

Post-doctoral researcher

 

A postdoc position is available in the research group of Ulf Jondelius at the Swedish Museum of Natural History, Stockholm.
We are looking for a highly motivated postdoc with interest in animal evolution for a project using data from genome sequencing of microscopic marine worms (Acoelomorpha). Acoelomorpha are simple animals lacking many features present in other Bilateria (e.g. circulatory system, body cavity, excretory organs). Their phylogenetic position is highly contested: they have been proposed to be either the earliest extant bilaterians, part of the flatworms, or deuterostomes closely related to echinoderms and hemichordates. The conflicting hypotheses imply widely disparate interpretations of their morphological evolution as either primitively simple or secondarily reduced in complexity. We will sample genomic data to cover acoelomorph diversity aiming to reconstruct their phylogenetic position within the Metazoa and study the structure of the genomes expecting to find either a simple basal metazoan genome or higher bilaterian and deuterostome signatures. The succesful candidate will work on assembly and analysis of genomes from several acoelomorph species together with the PI, collaborators, students, and technicians and will be responsible for analyzing results, writing manuscripts, and contributing to the development of the project.

 

The project is a collaboration with SciLife lab in Stockholm and Uppsala and colleagues at the Sars Centre in Bergen, Norway.

Qualifications

The ideal candidate has a recent PhD in Bioinformatics, Genomics, Molecular or Evolutionary biology or related fields, experience in analyzing next-generation DNA sequence data, and a record of publishing in scientific journals.  Programming experience in a scripting language (such as Python or Perl) is desirable.

 

Starting date is September 1, 2013. The appointment is for two years.

 

Informal inquiries should be directed at  Ulf Jondelius (ulf.jondelius@nrm.se). The union representatives are Bodil Kajrup, SACO-S and Yvonne Arremo, ST can be reached at telephone number + 46 8 519 540 00.

 

How to apply:  Applicants should submit (1) a cover letter describing your
research interests and background, (2) a detailed CV (including
publications), and (3) the contact details of three references as a single pdf document to rekrytering@nrm.se or to Swedish Museum of Natural History, Box 50007, SE 104 05 Stockholm, Sweden, no later than May 10, 2013. Mark your application with dnr 2.3.1-144-2013

PhD-position on mosses

Publicerat av
Svara

The Museum of Natural History and Archaeology in Trondheim, Norway has recently announced an open PhD-position. The successful candidate will study evolutionary processes associated with dispersal within, and hybridization between, closely related species of peat mosses (Sphagnum).

For more information on the position and how to apply, please visit http://www.jobbnorge.no/job.aspx?jobid=90772

Best regards,

Torbjørn