Tidningen Smålänningen har i dagens nummer ett fint reportage med Tobias Kånneby (disputerad vid Naturhistoriska riksmuseet i fjol) där han beskriver sin forskning om evolution och mångfald hos bukhårsdjur (Gastrotricha) i synnerhet samt systematikens betydelse för att förstå evolution i allmänhet.
Tyvärr finns inte reportaget på nätet så ni som inte prenumererar på Smålänningen får nöja er med den korta texten på tidningens framsida.
Grattis Tobias!
Ikväll kl 20:00 svensk tid anordnar phyloseminar.org en intressant videokonferens om RevBayes. Om du vill ta del av seminariet bör du så snart som möjligt följa instruktionerna på deras hemsida för att ansluta (man behöver bl a skaffa ett konto och installera en java-klient). Mer info om föredraget:
”RevBayes: An R like Environment for Bayesian phylogenetic inference”
John P. Huelsenbeck and Sebastian Höhna (UC Berkeley and Stockholm University)
Description:
RevBayes is a computer program that uses directed acyclic graphs
(DAG’s) to specify any type of model, to hold the model and data in
memory, and to compute the likelihood of the parameters of the model.
DAG’s provide a framework for the construction of modular models.
Models can easily be extended and/or parts of the model exchanged
(e.g., the substitution process and clock model) and several models
can be combined. The design of RevBayes should allow the
implementation of any extension to existing models. RevBayes is mainly
developed for Bayesian phylogenetic analyses, but it can be extended
to any inference on probabilistic models.
In this talk, I will give a brief introduction to the concept of DAG’s
and how they are used to construct a model. Once the model is
specified, I will show how to simulate new observations under the
model and how to estimate its parameters. I will demonstrate this in
the RevLanguage, which is an R-like language for building DAG’s for
phylogenetic problems. The RevLanguage is used interactively to
specify the model, as done with R. I will show how a full phylogenetic
model is specified, step-by-step. I will mainly focus on various
standard substitution models, relaxed clock models, and divergence
times priors. Specifically, I will show a new birth-death model with
speciation and extinction rates varying over time and use this in a
integrative analysis. In the integrative analysis I condition only on
the alignment (only the alignment is considered to be known) and
estimate the tree and divergence times simultaneously as well as the
speciation and extinction rates.
West Coast USA: 11:00 (11:00 AM) on Wednesday, February 29
East Coast USA: 14:00 (02:00 PM) on Wednesday, February 29
England: 19:00 (07:00 PM) on Wednesday, February 29
France: 20:00 (08:00 PM) on Wednesday, February 29
Japan: 04:00 (04:00 AM) on Thursday, March 01
New Zealand: 08:00 (08:00 AM) on Thursday, March 01
Sverige har idag fått sitt näst största marina naturreservat inrättat. Naturreservatet omfattar Gräsö östra skärgård och mäter 54 000 hektar. Det utgör det största reservatet i Uppsala län och omfattar både undervattensmiljöer och öar. Vi tackar landshövding och handläggare på länsstyrelsen som jobbat med frågan i många år!
Foto: WixPix Stephen Clegg.
Här är något för dig som är intresserad av mikrobiell mångfald och moderna sekvenserings- och sekvensanalysmetoder!
Ref. no: SU 619-0098-12
A position as Post Doctor is open at the Department of Botany, Stockholm University (Reference number SU 619-0098-12). Deadline for application: February 20th, 2012.
Stockholm University is committed to academic excellence and is a world renowned university with about 60 000 students. The Department of Botany is within the Faculty of Science, and has about 70 employees. Teaching is oriented towards plant physiology, ecology and systematics. The plant physiology unit offers a stimulating atmosphere in well-equipped laboratories.
Position
The Department of Botany seeks to employ a post doctor that will produce new essential information within the framework of two international and multidisciplinary research programs: BEAM ‘Baltic Ecosystem Adaptive Management’ a Stockholm University Strategic Marine Environment program (www.smf.su.se/beam) andMiMeBS ’Microbial Metagenomics of the Baltic Sea’ (www.botan.su.se/physiology). MiMeBS isa collaborative program between scientists at Department of Botany and J. Craig Venter Institute (La Jolla, USA; www.jvci.org), and at SciLifeLab, Stockholm (www.scilifelab.se).
Focus
The position will be structured as a collaborative and stimulating effort with MiMeBS and BEAM team members. The focus will be on analyses of sequenced metagenomes and transcriptomes of the Baltic Sea microbial populations and on development of tools to make use of the information gained in an environmental context (via environmental data and models), in turn meant as means for an optimized management of the unique Baltic Sea.
Qualifications
The post doc position requires a person with a PhD in biology/microbiology/molecular biology/ bioinformatics, preferentially with knowledge in bioinformatic analyses and ecosystem processes, combined with knowledge/interest in management of aquatic ecosystems. Eligible candidates must have a strong record of academic research demonstrated by peer-reviewed publications. Collaborative and innovative skills as well as independence are expected, as is excellence in writing and speaking English. Eligible candidates have received a PhD exam in the past 3-5 years (from the application deadline).
Terms of employment
A 1.5 year (18 months) full time Post Doctoral position, starting as soon as possible 2012.
Application
The application, in English, should include and be organized as follows:
a cover letter outlining your qualifications, relevant experiences and interest in the position (max 1 page)
CV & publications (max 2 pages)
copies of degree certificates
names of two reference persons (give phone numbers and email addresses;
state the relation to the reference person)
For further information, contact Professor Birgitta Bergman, telephone +46-(0)8-16 3751, bergmanb@botan.su.se
Union representatives are Bo Ekengren (SACO), Lisbeth Häggberg (ST), telephone +46-(0)8-16 2000 (switch board), and Gunnar Stenberg (SEKO), telephone +46-(0)70 316 43 41.
Applications, labelled with the Reference number SU 619-0098-12, should be posted to the address below and be postmarked no later than February 20th, 2012:
Stockholm University
Registrar/PÄ
SE-106 91 STOCKHOLM
SWEDEN
or by e-mail to: registrator@su.se – give Reference number in the Subject head
Ref. no. SU 619-0311-12
A position as researcher is open at the Department of Botany, Stockholm University. Reference number SU 619-0311-12. Deadline for application: February 20th, 2012.
Stockholm University is committed to academic excellence and is a world renowned university with about 60 000 students. The Department of Botany is within the Faculty of Science, and has about 70 employees. Teaching is oriented towards plant physiology, ecology and systematics. The plant physiology unit offers a stimulating atmosphere in well-equipped laboratories.
Position
The Department seeks to employ a Researcher Fellow that will produce new essential information within the framework of an international and multidisciplinary research program: MiMeBS ’Microbial Metagenomics of the Baltic Sea’ localized at SU (www.botan.su.se/physiology). The MiMeBS program is a collaborative research effort with scientists at J. Craig Venter Institute (La Jolla, USA; www.jcvi.org) and SciLifeLab (Stockholm; www.scilifelab.se).
Focus & Expectations
The focus will be on analyses of large data sets from sequenced metagenomes, transcriptomes and single cell genomes of Baltic Sea microbial populations using bioinformatic tools; and to make use of the information gained in an environmental context as means for an optimized management of the unique Baltic Sea. The Research Fellow is also expected to be in charge of the MiMeBS bioinformatic team members and act as supervisor for students and post docs.
Qualifications
The position requires a person with a PhD in biology/microbiology/molecular biology/ bioinformatics, combined with a deep experience and expertise in bioinformatic tools and analyses. Eligible candidates must have a strong record of academic research demonstrated by peer-reviewed publications. Collaborative leader and innovative skills and independence are expected, as is excellence in writing and speaking English. Eligible candidates have received a PhD exam in the past 3-6 years (from the application deadline).
Terms of employment
A two year full time position as researcher, starting as soon as possible.
Application
The application, in English, should include and be organized as follows:
a cover letter outlining your qualifications, relevant experiences and interest in the position (max 1 page)
CV & publications (max 2 pages)
copies of degree certificates
names of two reference persons (give phone numbers and email addresses;
state the relation to the reference person)
For further information, contact Professor Birgitta Bergman, telephone +46-(0)8-16 3751, bergmanb@botan.su.se
Union representatives are Bo Ekengren (SACO), Lisbeth Häggberg (ST), telephone +46-(0)8-16 2000 (switch board), and Gunnar Stenberg (SEKO), telephone +46-(0)70 316 43 41.
Applications, labeled with the Reference number SU 619-0311-12, should be posted to the address below and be postmarked no later than February 20th, 2012:
Stockholm University
Registrar/PÄ
SE-106 91 STOCKHOLM
SWEDEN
or by e-mail to: registrator@su.se – give Reference number in the Subject head
Att bedriva forskning kring blomväxternas fylogeni, särskilt familjen Asteraceae och ordningen Ericales, inom ramen för enhetens pågående forskningsprojekt. Projektet finansieras av medel från Vetenskapsrådet.
Kvalifikationer
Sökanden skall ha avlagt doktorsexamen i systematisk botanik, ha goda kunskaper i botanik, molekylärsystematiska arbetsmetoder och fylogenetisk analysmetodik. Erfarenhet av att arbeta självständigt i projekt är önskvärd, liksom en dokumenterad förmåga att framställa vetenskapliga resultat för publicering i välrenommerade vetenskapliga tidskrifter. Arbetet kräver god samarbetsförmåga och förmåga att
planera och genomföra projekt under en begränsad tid.
Tillträde snarast. Anställningen är på heltid och tidsbegränsad till att pågå under två år.
Närmare upplysningar lämnas av professor Arne Anderberg samt av de fackliga företrëdarna Johannes Lundberg, och Marianne Hamnede, ST-Kultur. Samtliga nås på telefon 08-519 540 OO.
Ansökan med CV samt personligt brev skall ha inkommit till Naturhistoriska riksmuseet, Box 50007, 104 05 STOCKHOLM eller rekrytering@nrm.se senast den 3 februari 2012. Märk ansökan med dnr 33-10/2012. Betyg och handlingar tas med vid eventuell
intervju.
Mvh Ulf Swenson
Vi ber nu SAMTLIGA medlemmar i Svenska Systematikföreningen omregistrera sig på föreningens nya och starkt förbättrade hemsida som härmed är öppen för registrering!
Ni som inte betalade årsavgift direkt till Mats Wedin under Systematikdagarna skall betala 2012 års avgift (100 kr) snarast, och meddela vem betalningen avser. Kontonummer hittar ni här. Givetvis får ni även göra generösa donationer!
Registreringen i två steg: först fyller du i din information och sedan får du ett email med en länk där du aktiverar registreringen och ser ditt automatiskt genererade lösenord. Det kan ta allt emellan en minut till en timma eller mer innan du får brevet så ha tålamod. Lösenordet visas bara en gång så spara det. Du får därefter ytterligare ett email med en bekräftelse och information om hur du byter lösenord, om du så skulle behöva.
När du registrerar ditt konto, vänligen beakta följande:
Du registrerar ditt konto genom att surfa hit.
När kontot väl är registrerat kan du logga in på hemsidan mha av länken under ANVÄNDARE OCH NYHETSFLÖDE eller här.
Väl inloggad ser du en grå panel högst upp på hemsidan. Där kan du själv ändra dina uppgifter i din profil och byta lösenord. Ett nytt lösenord måste vara minst 12 tecken långt och innehålla minst en stor bokstav, en liten bokstav och en siffra.
När vi i styrelsen fått dina uppgifter kommer vi ange i din profil vilket år du senast har betalt medlemskap. Det fältet kan du inte ändra själv 🙂
Vi i styrelsen kommer att använda hemsidan som vårt främsta kommunikationsorgan med medlemmarna. Gör så du också och ta chansen att ta del av och föra ut svensk systematisk forskning. Hjälp till att hålla hemsidan och Svenska Systematikföreningen aktiv och levande!
Med vänliga hälsningar och en riktigt god jul,
Inom kort kommer du som tidigare varit registrerad föreningsmedlem under 2010-2011 eller du som redan betalt din medlemsavgift för 2012 att få ett email om medlemskap och vår nya hemsida.
Idag kl 16:30 håller Svenska systematikföreningen årsmöte på Systematikdagarna.
Väl mötta i Auditoriet, Palaestra, Lunds universitet!
Idag lanserar Svenska systematikföreningen sin nya hemsida!
Målet med sidan är att den ska vara en attraktiv och kraftfull plattform för våra medlemmar att:
Vi hoppas också att informationen och aktiviteten på hemsidan kommer att förmedla den svenska systematiska forskningens framsteg och dynamik till allmänheten!
Välkomna!